全院下设作物生物育种研究中心、农业生物制造研究中心、现代农业设施与智能装备研究中心、智慧农业研究中心、垂直农业研究中心、食（药）用菌研究中心、动物科学（健康）研究中心、现代渔业研究中心、绿色低碳研究中心、农业生物安全研究中心、农业生物基因中心、作物育种表型鉴定中心、农业科研综合试验中心等13个科研业务机构。拥有17个国家级和部级科技创新平台和成果转化平台，8个市级科技平台。